精准医疗大背景下，基因检测作为肿瘤分子分型的有效手段，为肿瘤的精准诊疗重要信息和支持。
对于非小细胞肺癌（NSCLC），已确定的驱动基因包括EGFR、FGFR1、PIK3CA、KRAS、BRAF等基因突变以及HER2、MET等基因扩增，还包括ALK、ROS、RET融合基因。目前临床上有效的驱动基因靶向治疗主要针对EGFR和ALK。本文侧重讨论融合基因在NSCLC靶向治疗中的临床价值和意义。
融合基因包含多种类型，这里指的是某个原癌基因与另一基因（称为「伴侣基因」）发生融合，导致癌症发生与进展。基因融合是血液恶性肿瘤和实体瘤的重要遗传学变化，比如BCR-ABL融合基因就是CML（慢性粒细胞白血病）诊断/治疗期间需要检测一个重要指标。
那么哪些基因的融合与NSCLC有关呢？
EML4-ALK
ALK，AnaplasticLymphomaKinase，间变性淋巴瘤激酶，是胰岛素受体家族的一员，编码一个跨膜的、酪氨基激酶单体。野生型的ALK蛋白，2个蛋白单体组成一个ALK二聚体，经过配体的激活，二聚体亚基之间互相磷酸化，形成有激酶活性的酪氨酸激酶。
ALK会以多种基因形成融合基因，在NSCLC中，3~7%的病例存在EML4-ALK融合。EML4-ALK融合突变又存在多种亚型，主要是因为EML4基因的断点不同。
图片来源：网络
ROS1
ROS1编码一种受体酪氨酸激酶(RTK)，与细胞的生长、增殖、分化和生存有关。肺癌患者中出现ROS1融合的比例在1~2%之间，常见于年轻的不抽烟的女性肺腺癌患者。对于EGFR和ALK阴性的患者来说，ROS1融合出现比例高达5%。ROS1和ALK的激酶活性区有70%相似性。
ROS1融合早在年在人细胞中首次发现，直到年才在NSCLC细胞系和肿瘤组织中发现。ROS融合形式多样，CD74基因最常见[1]。
图片来源：文献[1]
RET
RET基因位于10q11.2上，编码包括三个结构域酪氨酸激酶受体，与ALK激酶活性区有37%氨基酸相同。总体NSCLC人群中RET融合发生率约1.8%，在EGFR、ALK、ROS1、BRAF、KRAS和HER2野生型患者中RET融合发生率约为6.3%。其中最常见的融合类型是KIF5B-RET和CCDC6-RET，前者更常见[2]。
图片来源：文献[2]
……等其他融合基因，小编不再赘述。
针对ALK,ROS1,RET融合基因的靶向药简介
克唑替尼（Crizotinib），辉瑞公司药品，年FDA批准可以用于晚期的、有ALK融合基因突变的肺癌的治疗。存在ALK融合基因突变的非小细胞肺癌的病人，经克唑替尼的治疗，客观反应率达到60%以上。其中50%以上的病人的无进展生存期可以达到7个月或者更长。
色瑞替尼（Ceritinib），诺华公司药品，年FDA可以用于克唑替尼治疗无效、或者不能耐受克唑替尼的，并且有ALK融合基因突变的，非小细胞肺癌病人。
ROS1融合基因靶向药物有意思了，年，《NEJM》杂志发表了ROS1融合的NSCLC患者使用克唑替尼的临床数据，客观有效率达72%，中位无进展生存期达19.2个月[3]。年另一发表在《JThoracOncol.》杂志上的文章总结了ROS1靶点的进展：ROS1融合患者使用ALK融合药物，比如克唑替尼和色瑞替尼，有效率都超过了60%[1]。Ps：美国FDA于年批准了克唑替尼可用于ROS1融合的肺癌患者，且版的NCCN指南将ROS1基因融合检测纳入晚期NSCLC一线治疗方案中。但是有不少研究表明，克唑替尼入脑能力差，CD74-ROS1融合患者生存期较短。
RET融合基因，经小编查询，目前还没有一款真正通过FDA批准的靶向药。现在市面上的大多数靶向抑制剂在有效率和生存数据上都不如其他靶点药物，ORR16~47%，PFS2.3~7.3个月。但前景还是光明的，LoxoOncology公司在年9月初宣布其研发的高选择性RET抑制剂——LOXO，被FDA授予突破性疗法认定。什么意思呢？就是说再别无它法/它法治疗无效/有进展的情况下，可使用该药物。此次批准得益于其临床1期数据，NSCLC的总体缓解率达77%，且表现出极强的入脑能力。Ps：LoxoOncology公司是不是觉得有点耳熟？没错，前阵子爆火的泛癌种靶向药（拉罗替尼，针对NTRK融合基因）就是这家公司和Bayer公司共同开发的。
介绍了这么多背景，如何检测融合基因？
目前对ALK融合的检出方法包括传统的荧光原位杂交（FISH）、基于PCR扩增技术（RACE-PCR或RT-PCR联合测序技术、RT-qPCR、ddPCR等）、免疫组织化学法（IHC）以及NGS等。这些传统方法各有其优缺点（见下表，点击放大查看）
*源于世和以及燃石公司的NGS小panel数据；**源于参考文献[5][6]；图片来源：伯乐
FISH、IHC和RT-qPCR技术只适用于肿瘤组织样本，限制了应用的拓展。因为很多晚期肺癌患者无法进行手术获取组织样本，因此无法使用这些检测技术检测ALK状态。
NGS和ddPCR技术不仅可以检测组织样本中的ALK融合，还适用于非创伤手段获取的样本如血浆、胸水样本等检测肿瘤的ALK融合状态，并可以进行DNA、RNA多层面检测以确保检测准确性。
其中NGS可同时检测样本中多种基因、多种融合变体的状态，但对于低丰度（0.1%）ALK融合样本的检测，NGS则需要严格的全程质控。那么这时灵敏度更高且可以绝对定量的数字PCR技术（ddPCR）成为不二之选。
悄悄告诉大家，针对ALK、ROS1、RET融合基因，Bio-Rad公司还提供专门的专家设计的ddPCR检测试剂产品（仅科研使用）。
目前还没有数字PCR平台获得国内的三类医疗器械注册证，但Bio-RadQX平台的三类注册临床实验已在顺利进行中，美国FDA的K注册工作接近尾声。如此一来，QX系统有望成为第一个同时获得CFDA、FDA、CE-IVD的数字PCR平台。
参考来源（向下滚动）
[1]Lin,J.J.andA.T.Shaw,RecentAdvancesinTargetingROS1inLungCancer.JThoracOncol,.
[2]RobertoF.,NathalieA.,EdouardA.,BenjaminB.ClinicalandtranslationalimplicationsofRETrearrangementsinnon-smallcelllungcancer.JThoracOncol,.
[3]Shaw,A.T.,etal.,CrizotinibinROS1-rearrangednon-small-celllungcancer.NEnglJMed,.(21):p.-71.
[4]WangQ.S.,YangX.,HeY.,etal.,DropletDigitalPCRforAbsoluteQuantificationofEML4-ALKGeneRearrangementinLungAdenocarcinoma.JMolDiagn,.
[5]HestiaS.M.,KristinE.A.,LeisaP.J.,GaryA.P.,ABlood-basedTestfortheDetectionofROS1andRETFusionTranscriptsfromCirculatingRibonucleicAcidUsingDigitalPolymeraseChainReaction.JVisExp,.
[6]LawrenceJ.J.,JuliannC.,MinY.,LorenJ.,DetectionandQuantificationofBCR-ABL1FusionTranscriptsbyDropletDigitalPCR.JMolDiagn,.
文章来源：伯乐题图来源：站酷海洛
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