刚果在赶走比利时殖民者之后成立了新政府，新政府的诞生也带来了很多连锁反应，政权的争夺成了诸多反应中最为热烈的一环。这不奇怪，卢蒙巴和卡萨武布总统一开始在刚果独立问题上就出现过矛盾，在政府工作中也很难达成共识，更别说齐心协力了，于是，刚果新政府出现了权力争斗。就在这个时候，比利时针对刚果兵变做出了反应，更多的比利时士兵浩浩荡荡开往刚果，所有在刚果的比利时侨民都被撤离。
这一招叫釜底抽薪，那些被撤离的比利时侨民个个都是行业精英，分布在刚果不同工作领域，他们一走让刚果许多社会部门失去了脊梁骨，以至于无法正常运转。比利时为了重新得到刚果不遗余力地策动了一场又一场恐慌撤走比利时在刚果的生力军不过是其中一招而已，煽动加丹加省脱离刚果独立才是重头戏。年7月11日，加丹加省宣布独立，紧接着南开塞省也宣布独立。几天之后，卢蒙巴宣布刚果处于战争状态，并要求联合国救援。很快，联合国看管部队驻扎进刚果。
蒙博托在这个时候的主要任务就是建设刚果部队，在联合国看管部队的帮助下提高刚果部队的战斗素质。由于撤走了一批比利时军官，刚果军队出现了严重的“缺血”状况，为了保证军队正常运转，蒙博托亲自上阵当起了指挥官，那个时候他30岁。30岁的蒙博托很快被擢升为刚果武装力量总司令，成为刚果历史上最年轻的高级军官。手掌兵权对后来蒙博托走向权力巅峰有着至关重要的作用。自古以来拥兵者易得天下，只要掌握驾驭政治的技术，天下唾手可得。
政府那边，卢蒙巴和卡萨武布的争斗依旧在继续。9月，卡萨武布总统突然宣布撤销卢蒙巴的总理职务，卢蒙巴并不甘心，闯进广播电台宣布卡萨武布已经被他罢黜。两个对刚果举足轻重的政治人物像孩子一样开始了拉锯战，这样下去，刚果政府很容易被比利时乘虚而入。在此关头，而立之年的蒙博托发动政变，结束了总统和总理之间的拉锯战，让刚果避开了内战之乱。9月14，蒙博托发表全国讲话，表示军队剥夺了总统和总理的权力，政府和议会也将重组，但是这并不意味着把总统和总理赶下台，不过是让他们冷静一下而已，刚果秩序照旧。
演讲中蒙博托特地表明了自己并不想当总统或总理的意思，他将继续留在军队不插手任何政府公务。这样看起来，这场政变的确很无奈。然而，卡萨武布和卢蒙巴的争斗并没有就此罢休，而是更加激烈。外部舆论基本上都在袒护卡萨武布，因为卢蒙巴跟共产党之间是否有关系还没有调查清楚。迫于舆论压力，蒙博托恢复了卡萨武布的总统身份，次年，卡萨武布总统和新任总理阿杜拉重新揽回政权，这一小小风波暂时平息。蒙博托一直以来都把重心放在军队建设上，新成立的“蒙博托刚果国民军”在他的悉心培养下正慢慢成长。
不能说此刻的蒙博托多么清心寡欲，手握重权的人永远不会单纯，只能说真正让他的野心迅速膨胀的时机还没到。在培养“蒙博托刚果国民军”的同时，蒙博托着手剿灭其他武装组织以确保这支正规军队的纯粹性。“蒙博托刚果国民军”逐渐成长为刚果的中心部队，肩负着维护刚果统一和秩序安定的任务。蒙博托从国外聘请优秀的军事顾问来指导军队管理，并不定时选拔表现出众的军人到国外军事学院学习，他出色的组织能力帮助刚果建立了一支训练有素的精锐部队，在刚果无数次的劫难中，都是蒙博托带着他的军队平息了一切。
刚果人民无法想象，没有蒙博托和他的军队，自己将生活在怎样恶劣的环境中。蒙博托及其军队的重要也从另一个侧面反映出了卡萨武布总统和阿杜拉总理在治理国家上的不足，否则也不会一次又一次出现危机并动用军队才能解决。加丹加、奎卢、基伍、斯坦利维尔等地是武装起义的高发地，蒙博托的大部分精力都用在平定内乱上。本来以为把加丹加武装起义的领头人冲伯擢升为总理就可以息事宁人，却没想到冲伯与卡萨武布之间的权力斗争让本就混乱的局势更加糟糕。
蒙博托的机会来了，领导阶层之间的互殴只能让人民对这届政府失望，即使卡萨武布在任职期间做出了很多人事上的调整，但都于事无补。刚果在一步一步走向内乱，在这样的局势下，人民更加迫切需要个知人善用者领导群雄，蒙博托无疑是个不二人选。年11月25日，蒙博托第二次发动政变彻底赶走了卡萨武布总统，成为刚果独立后的第二任总统。而在年才刚被改称为刚果民主共和国的刚果，也被宣布成立为第二共和国，第二年的5月，刚果国名被简称为“刚果（金）”。
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