该篇文献描述了一种在非变性条件下利用水平聚丙烯酰胺凝胶电泳分析蛋白质与RNA相互作用的亲和力和特异性的方法。该方法允许跟踪阴离子和阳离子生物分子和复合物分别向阳极和阴极的迁移，从而能够量化不同电荷的结合和自由生物分子及其分子间相互作用的亲和力。凝胶用荧光插层染料(SYBR?金或溴化乙锭)染色以显示核酸，然后用考马斯亮蓝R-染色以显示蛋白质；解离常数的测定与每种染料显示的未移位和移位带的强度不同。该方法允许在相同的条件下计算同一凝胶中的结合和未结合的阴离子核酸和阳离子蛋白质组分，而不考虑电荷，并且避免了对任一组分的放射性同位素或荧光标记的需要。
蛋白质-RNA的相互作用可以用多种方法来验证，包括EMSA，这是一种广泛应用且功能强大的技术，适宜各种系统。这里描述的电泳方法可以检测到同一凝胶中的蛋白质和RNA，还可以定量测定相互作用的Kd。在单一凝胶中检测单个物种向阳极和阴极的迁移允许测量RNA结合蛋白及其目标RNA，而与蛋白等电点无关。对于特定的蛋白质-RNA体系，电泳条件的优化易于实现。虽然生物分子染色方法，其灵敏度低于生物分子的放射标记或荧光标记，但该方法省时易于操作，且在相同条件下能检测到两个生物分子。
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