导语
年3月，美国加州大学的Charles教授在NatureMicrobiology发表了一种结合掺入引物富集技术的mNGS技术（mNGSwithspikedprimerenrichment，MSSPE）。该技术能够有效提高低滴度RNA病毒的检测能力，同时简单、快速、成本低，在富集RNA病毒的同时保留了对其他病原体的敏感性，能够直接整合到现有的病毒测序流程中，极具兼容性。研究背景如今新冠疫情肆虐全球，mNGS在新冠病毒的发现与鉴定中功不可没。mNGS技术对于低滴度RNA病毒感染的样本，通常需要额外进行靶标富集。目前可使用的PCR或捕获探针的方法可能会受到成本高、检测范围窄、或交叉污染的限制。因此需要一种方法，既可以富集特定病毒，又能够保留广谱性。加州大学的研究团队发明了mNGS辅以掺入引物富集技术（metagenomicsequencingwithspikedprimerenrichment，MSSPE）。这项技术通过对靶标病毒进行预富集，以更可控的成本，同时保留了对其他病原体敏感性的优点，使得该方法适用于实验室诊断和临床应用。研究设计本文用14种不同的病毒对MSSPE技术进行了验证，结果显示，MSSPE性能优秀。MSSPE比仅单独mNGS检测的病毒基因组覆盖度平均增加了47%（±16%）；对感染患者血浆中的寨卡病毒、埃博拉病毒、登革热病毒、基孔肯亚病毒和黄热病病毒的检测准确率为95%。MSSPE具有简单、低成本、快速、可在Illumina台式测序仪或便携式纳米孔测序仪上进行开展。重大发现（1）MSSPE比探针捕获和多重PCR检测RNA病毒的效率高。具体体现在：探针捕获和多重PCR检测容易存在交叉污染且会产生80%-95%的重复读数；而MSSPE无交叉污染出现，且产生重复读数的比率仅为20%；对所富集病毒的基因组的覆盖度平均提高了58.5%±21.5%；reads数增加了6倍。（2）引入MSSPE的mNGS对于低滴度病毒的感染，富集效率比单独mNGS检测的效率高14倍；总体上说，MSSPE方法简便、快速，平台应用灵活，是一种极其有潜力的RNA病毒富集技术。专家解说Charles教授表示：MSSPE技术对病毒的富集提升了mNGS对目标病毒的检测能力，且改善了对病毒基因组的覆盖率。对于低滴度病毒的临床样本(10-10,cpml-1)，MSSPE提高了检测的敏感度，即在病毒滴度为10cpml-1的时候依然可以很好的检测到，并且在增加了检测的平均基因组覆盖度的同时，还能保留mNGS检测广谱病原的敏感性。MSSPE能同时进行病毒检测、基因组序列获得和病毒监控；在病毒滴度为10到cpml-1范围内，MSSPE都很少产生交叉污染。
小编有感小编研读了这篇文献，第一感觉就是这种改良的mNGS技术发展无限啊。RNA病毒检测本是NGS技术的重大挑战，尤其是低滴度RNA病毒。然而MSSPE可完美解决低滴度RNA病毒检测敏感度低的问题，将大大提高RNA病毒检测效率,同时保持对其他病原体的检测敏感度，可以很便捷地整合到现有的病毒测序流程中，无论是单独应用还是与靶向测序联合都具有非常好的应用前景。堪称病原微生物检测的综合战斗机啊~赛哲集团成立于年，专注于病原微生物检测服务——以病原微生物为核心目标，以感染性疾病为主要对象，以高通量测序技术为驱动核心，采用多种生物技术手段进行病原微生物的定性和定量检测，技术支持团队提供专业的临床解读服务，旨在成为专业从事微生物预防、诊断和精准治疗的集团化企业。专注、专业、稳定、可靠
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