明月伴钟，肃穆了忙碌的二〇一九；
冬日暖阳，憧憬了驰骋的二〇二〇。
唤君同赏小窗明，夕阳吹角最关情。
小编汇总了年DNA甲基化领域的物事，
供各位品鉴之。
年甲基化综述回顾
DNA甲基化是表观遗传领域的重要方向，是生命过程中普遍存在的调控方式。在细胞分化、个体发育与衰老、疾病和肿瘤的发生发展等方面起着至关重要作用。随着表观遗传学的迅速发展和深入，人们逐渐认识到表观遗传是联系遗传学和环境、疾病、社会行为的桥梁。
在哺乳动物的基因组中，约70%~80%的CpGs甲基化。DNA甲基化对于哺乳动物的发育至关重要。Maxim等阐述了DNA甲基化在哺乳动物发育和疾病过程中的多种作用，讨论了在小鼠和人体的胚胎、种系、体细胞发育过程中，启动子区域、基因区域、转座因子等的DNA甲基化和去甲基化动态过程和机制，为遗传疾病的发生提供思路。
图1胚胎发育过程中的DNA甲基化变化过程
衰老和延缓衰老是从古至今探讨的生物学问题，但大多临床标志物并不能作为衰老的指标，也不能说明其机制。“表观遗传时钟”将发育、维持与衰老联系在一起，可能有助于帮助我们理解衰老。Christopher等论述了DNA甲基化和“表观遗传时钟”在实践过程中的挑战和建议。
图2“DNA甲基化时钟”理论
DNA甲基化不仅可以反应正常细胞的生物学特征，还可以反应肿瘤细胞的特性。Ymke等发表综述，阐述了如何通过分析cfDNA的表观遗传（如DNA甲基化）和免疫学特征，提高肿瘤液体活检的应用潜力。另一方面，表观治疗抑制剂已成为某些血液恶性肿瘤的治疗手段，Peter等概述以DNMTi为例的表观疗法可提高癌细胞的免疫原性，重塑免疫微环境并重编程免疫细胞，并重点介绍了在肿瘤免疫微环境中，表观治疗如何与免疫疗法协同发挥作用，最终改善临床效果。
图3CD8+T细胞功能障碍恢复需结合免疫治疗和表观遗传治疗
年甲基化检测新技术回顾
基于亚硫酸氢盐（Bisulfite）转化的甲基化检测自年提出至今已二十多年过去，现已成为DNA甲基化检测的金标准。然而这种化学转化法会导致DNA链的断裂，以及序列复杂度降低。科研人员一直致力于在不改变未修饰的胞嘧啶的前提下，达到高灵敏度、特异性检测的目标。今年年初，牛津大学的研究人员提出一种新型的无Bisulfite转化的方法TAPS，发表在《NatureBiotechnology》上，该方法基于TET酶辅助的硼烷检测，可精确检测5mC和5hmC。
同期，复旦大学研究人员提出了新的全基因组DNA甲基化检测方法GPS，该技术基于T4DNA聚合酶3’→5’核酸外切酶活性和5’→3’聚合酶活性，这种方法可无偏检测GC富集及重复区域的DNA甲基化。
图4TAPS方法（左）和GPS方法（右）概览
精选文献推荐
在过去的一年，DNA甲基化研究领域朝晖夕阴，气象万千。我们看到在环境污染、多种复杂疾病、肿瘤基础研究和实践应用等方面，DNA甲基化体现出独特的研究价值和百鸟朝凤的魅力。
小编在整理近百篇DNA甲基化高分文献后，精选出了十篇文献分享给各位。这十篇文献在研究意义和研究思路上清晰明确，在分析方法上别具匠心，同时深入浅出，不明觉厉。小编期望，这十篇文献能够帮助到新接触表观遗传和DNA甲基化的老师、同学们，能够充分了解DNA甲基化，熟悉相关方向的研究思路和策略，也能够为致力于表观遗传的科研工作者在课题设计、研究方案制定、分析策略等方面提供参考和借鉴。
文献1：内风湿关节炎的单核细胞DNA甲基化变化与炎性病变的潜在机制探究
原文标题：In?ammatorycytokinesshapeachangingDNAmethylomeinmonocytesmirroringdiseaseactivityinrheumatoidarthritis
影响因子：14.
期刊：Ann.Rheum.Dis.
文章摘要：
类风湿关节炎RA是一种慢性的全身性自身免疫疾病，单核细胞在RA发病机理中至关重要，并可导致炎性病变。研究人员通过EPIC芯片及深度分析，证明了RA疾病的发生与单核细胞中炎性相关的细胞因子的DNA甲基化改变具有直接联系。
推荐理由：
文章首次证明了外周血单核细胞的甲基化谱可作为类风湿关节炎患者炎症环境的表观传感器，DNA甲基化数据分析和挖掘手段可以借鉴。
文献2：砷暴露与DNA甲基化的表观全基因组关联分析
原文标题：AssociationofArsenicExposurewithWholeBloodDNAMethylation:AnEpigenome-WideStudyofBangladeshiAdults.
影响因子：8.
期刊：Environ.HealthPerspect.
文章摘要：
砷暴露会增加癌症及慢性疾病的发生，其毒性潜在机制可能是表观遗传失调。研究人员通过表观全基因组关联分析EWAS分析了饮用井水污染的人群，鉴定到34个与尿砷相关的CpGs和24个与水砷相关的CpGs，并识别到45个与尿砷相关的DMR，涉及ABR、SEMA4G、NSMF基因，证明了这种关联关系。
推荐理由：
重金属污染危害人体健康，这是全球性公共卫生问题。用EWAS将DNA甲基化与多个砷相关指标关联，思路清晰，内容完整。
文献3：儿童特应性哮喘的表观全基因组关联分析与甲基化分类器开发
原文标题：DNAmethylationinnasalepithelium,atopy,andatopicasthmainchildren:agenome-widestudy
影响因子：22.
期刊：LancetRespirMed
文章摘要：
表观遗传机制可能改变气道上皮屏障并最终导致特应性哮喘的发生。研究人员通过表观全基因组关联分析EWAS对名波多黎各哮喘儿童分析，鉴定了与特应性哮喘相关联的基因（上皮屏障完整性和功能以及免疫调节过程相关基因），并确定了可应用于特应性哮喘分类的特征甲基化panle，为临床预测提供应用的可能性。
推荐理由：
研究目的聚焦，明确的技术路线，应用EWAS、eQTM回答潜在机制，并在分类器开发上取得进展，具有较高的参考价值。
文献4：DNA甲基化介导的空气污染与支气管扩张前肺功能改变
原文标题：Epigenome-wideassociationstudyoflungfunctionlevelanditschange
影响因子：11.
期刊：Eur.Respir.J.
文章摘要：
DNA甲基化将肺功能与环境暴露联系到一起，但肺功能DNA甲基化缺乏直接证据，研究人员通过表观全基因组关联分析EWAS鉴定了肺功能相关的甲基化位点，并证明了相关位点的因果关系。
推荐理由：
深度挖掘，推陈出新，EWAS、中介效应、孟德尔随机化等分析方法值得学习。
文献5：脑部特定区域神经元的DNA甲基化和染色质可及性与神经精神性状遗传性相关
原文标题：Neuronalbrain-region-specificDNAmethylationandchromatinaccessibilityareassociatedwithneuropsychiatrictraitheritability.
影响因子：21.
期刊：Nat.Neurosci.
文章摘要：
表观修饰赋予大脑稳定的转录模式，特定的脑部区域具有特定的功能。研究人员通过全基因组亚硫酸盐测序WGBS检测四个大脑区域（带状前回、海马、前额叶皮层和伏隔核）的DNA甲基化谱，并分析了前额叶皮层和伏隔核的染色质可及性。研究发现，整个大脑区域的神经元细胞存在明显的CpG甲基化（CH-DMR）和非CpG甲基化（CH-DMR）差异，其中CH-DMRs与差异基因表达高度相关，而神经元的CG-DMRs与染色质可及性一致并富含调控区域，并且这些CG-DMRs与丰富的精神遗传性状的基因区域相关。
推荐理由：
四个脑部区域展开研究，材料珍贵。基于WGBS测序结果的数据分析值得借鉴，结果展示一见了然。
文献6：非转移性结直肠癌的DNA甲基化预后分类器开发
原文标题：Genome-wideDNAmethylationanalysisrevealsaprognosticclassifierfornon-metastaticcolorectalcancer(ProMColclassifier).
影响因子：17.
期刊：Gut
文章摘要：
病理分期提供有限的信息用于预测大肠癌患者生存率，而甲基化在多项研究中表现出具有潜在的临床诊断、预后、预测意义。研究人员通过多中心病例对照研究，建立了基于20CpGs的非转移性CRC的预后甲基化分类器ProMCol，提高了其预后的准确性。
推荐理由：
新型分类器和临床指标结合可更加准确预测CRC患者预后，分类器开发方法可参考哦。
文献7：非小细胞肺癌中表观遗传变化与肿瘤TMB相关
原文标题：Epigeneticalterationsareassociatedwithtumormutationburdeninnon-smallcelllungcancer
影响因子：8.
期刊：JImmunotherCancer
文章摘要：
肿瘤突变负荷TMB与免疫治疗响应相关，而表观遗传修饰与基因组稳定性密切相关。研究人员通过全外显子测序和K甲基化芯片检测了89例NSCLC的TMB和全基因组甲基化水平，报道了甲基化组改变与TMB以及拷贝数变异的相互关系。
推荐理由：
利用全外和甲基化两套组学数据，基于TMB、甲基化、CNV开展联合分析，阐明DNA甲基化与基因组稳定性间的关系。本文也是中科普瑞年合作文献之一。
文献8：DNMT3A通过使miR-启动子区域高甲基化从而抑制其表达，在肝肿瘤的生长
原文标题：miR-ExpressionIsSilencedbyDNMT3AMediatedHypermethylationandFunctionsasaTumorSuppressorinLiverCancerCells
影响因子：8.
期刊：Mol.Ther.
文章摘要：
多项研究证明DNA甲基化的异常有助于肝癌发生，但调节机制尚不为人知。研究人员通过一系列功能实验，证明了DNMT3A可使miR-启动子区域高甲基化而抑制其表达，在小鼠模型中，miR-可与MYST2和ZEB1结合抑制两个基因的表达，其中MYST2促进肝癌细胞生长，而ZEB1促进肝癌细胞迁移和侵袭。这些发现可能揭示了参与肝癌恶性肿瘤的miRNA异常表达机制，并为肝癌提供新的生物标志物。
推荐理由：
DNAmethyl-miR-mRNA三元结合的功能验证文献。验证思路严谨，丰富的工作内容，参考意义大。
文献9：表观基因组关联研究数据库EWASAtlas
原文标题：EWASAtlas:acuratedknowledgebaseofepigenome-wideassociationstudies.
影响因子：11.
期刊：NucleicAcidsRes.
推荐理由：
EWAS已成为鉴定生物学特性和表观遗传变异的有效方法，目前表观遗传变异在人类的各种特征，包括表型、疾病、行为、环境等。该数据库整合EWAS相关数据，收录了超种表型、近队列、多种组织/细胞的上千篇文献。在前期调研和后期meta分析上具有参考价值。
文献10：全基因组基因型和DNA甲基化数据库Pancan-meQTL
原文标题：Pancan-meQTL:adatabasetosystematicallyevaluatetheeffectsofgeneticvariantsonmethylationinhumancancer.
影响因子：11.
期刊：NucleicAcidsRes.
推荐理由：
DNA甲基化调节基因表达，而单核苷酸多态性可通过影响DNA甲基化促进肿瘤发生发展。Pancan-meQTL数据库通过整合基因型数据和DNA甲基化数据，全面的提供了《癌症基因组图谱》中23种癌症类型的meQTL。在癌症的遗传和表观遗传研究上具有重要的参考价值。
参考文献：
Doi:10./j.tree..04.
Doi:10./j.ccell..09.
Doi:10./s---9
Doi:10./s---0
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Doi:10./s---6
Doi:10./s---3
Doi:10./s---y
Doi:10./cshperspect.a133
Doi:10./pnas.89.5.
Doi:10./s---2.
Doi:10./gr...
晴空一鹤排云上，便引诗情到碧霄。
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